複数の大学入試に合格したとしても、進学できる大学は1つだけ。そりゃそうですよね。一人で2つの大学に在学するわけないですよね。では2つ以上の大学に入学申込金や授業料を振り込んでしまった場合、返還されるのでしょうか。

文部科学省の「令和5年度大学入学者選抜実施要項」によると、「入学辞退者に対する授業料，施設設備費等の学生納付金の返還申出期限」は「入学志願者に対し，例えば，あらかじめ募集要項，入学手続要項等に記述するなどにより，明確に」しなければならないこととされています。

① 3月31日までに入学辞退の意思表示をした者（専願又は学校推薦型選抜（これに類する入学試験を含む。）に合格して大学等と在学契約を締結した受験者を除く。）については，原則として，受験者が納付した授業料等及び諸会費等の返還に応じる。
② ①にかかわらず，募集要項，入学手続要項等に，「入学式を無断欠席した場合には入学を辞退したものとみなす」，「入学式を無断欠席した場合には入学を取り消す」などと記述している場合には，入学式の日までに受験者が明示的に又は黙示的に在学契約を解除したときは，授業料等及び諸会費等の返還に応じる。

「令和5年度大学入学者選抜実施要項」より

したがって、通常の場合であれば授業料および諸会費は返還されます。「諸会費」というと何だろう？　と思うかもしれませんが、たとえば「同窓会費」などがこれにあたります。

日本全国の大学入試要項はこれに則って定められていますから、上記に違反している大学というのは普通存在しないでしょう。
例えば立教大学2023年度入学試験要項には

本学の入学手続を行った後に、やむを得ない理由によって、入学辞退を希望し、所定の手続を行い受理された者には、「入学金を除く学費その他の納入金」を返還します。

とあります。わざわざ、「入学金」は「入学し得る地位を取得するための対価」であり、「入学を辞退した場合であっても、その地位を取得しているため返還しません」とも記載されています。

これは本当にそうです。授業料は返還されても入学金（入学申込金）は返還されないのが普通です。大体どこの大学も20万円くらいが相場でしょうか。
とりあえず朝日新聞の記事を引用します。
入学金をめぐっては２００６年、最高裁が判決を出している。元受験生らが入学を辞退した私立大を相手に授業料や入学金の返還を求めた訴訟で、入学金について「合格者が大学に入学しうる地位を取得するための対価」とし、大学側は返還義務を負わないと判示した。これに基づき、入学金は返還されないことが通例となっている。

（https://www.asahi.com/articles/DA3S15071865.htmlより）

また、入学申込金と授業料は一括で支払わなくても構わないことが多く、やはり先程の2023年度の立教大学入試要項によると分納申請を行うことで入学金と学費その他の納入金を別々に納付して構わないと記されています。
つまり私立大学が本命ではなく、国立大学が第一志望だという場合、滑り止めとして私立大学に入学金を納付し、併せて分納申請を行っておきます。それで国立大学に落ちてその私立大学に進学することになって初めて、残りの学費を納付するということが可能になります。

言い換えると、第一志望か第二志望の大学に入学金を納めることには意味がありますが、第三志望以下の大学に入学金を払ってもメリットはありません・・・。ちゃんと自分がどこに進学したいのかを明確にして受験したいものですね。ま、言うまでもないことですが。